Szkoła Modlitwy Jana Pawła II to propozycja formacji pomagającej odnowić i ubogacić nasze relacje z Bogiem, Maryją i wszystkimi mieszkańcami nieba. Kiedy wpatrujemy się w modlitwę Chrystusa, Maryi i Świętych, uświadamiamy sobie, że jeszcze wiele musimy się nauczyć. Potrzebujemy modlitwy, która przemienia życie i potrzebujemy szkoły modlitwy, która jest równocześnie szkołą życia. Taki właśnie charakter ma kilkuletnia formacja duchowa proponowana przez „Centrum Jana Pawła II Nie lękajcie się!” Obejmuje ona okres wprowadzający, trzy lata systematycznej pracy oraz czas rozesłania.

Większość „lekcji” w tej szkole odbywa się pośród codziennych zajęć i polega na systematycznej pracy nad sobą realizowanej przy pomocy wskazanych medytacji i ćwiczeń. Rozważając słowo Boże i papieskie nauczanie, wpatrując się w przykład Chrystusa, Maryi i Świętych, dążymy do głębszego zjednoczenia z Bogiem i piękniejszej służby braciom. W proponowanej Szkole Modlitwy można uczestniczyć na dwa sposoby: indywidualny lub wspólnotowy. Ten, kto idzie drogą indywidualną korzysta z przygotowanych pomocy według własnego uznania. Ci, którzy chcą rozmawiać na tematy poruszane w ciągu roku i wspólnie pokonywać kolejne odcinki drogi, uczestniczą w miesięcznych spotkaniach w grupie i dorocznych rekolekcjach, a także w celebracjach, które rozpoczynają i kończą poszczególne etapy drogi formacyjnej.